Родился 30 сентября 1948 года в Меленках, Владимирская область, Россия. Окончил Ленинградский институт механики (1972). Он начал свою карьеру в качестве научного сотрудника в Государственном институте прикладной химии. После службы в Советской Армии работал инженером, затем старшим инженером в Управлении Государственного комитета СССР по внешним экономическим связям, начальником отдела в Физико-техническом институте имени Иоффе.
Доктор политических наук.
Женат, имеет двух сыновей.
Деятельность
В 1985-1991 годах - дипломатическая служба (последовательно занимал должности второго и первого секретаря Постоянного представительства СССР при ООН).
Затем председатель совета директоров закрытого акционерного общества "Международный центр делового сотрудничества", начальник Северо-Западной окружной инспекции Главного контрольного управления Президента Российской Федерации.
В октябре 2000 года был назначен заместителем министра транспорта Российской Федерации, в феврале 2002 года - первым заместителем министра связи.
В октябре 2003 года он стал первым вице-президентом ОАО "Российские железные дороги" (РЖД). Он возглавил компанию 14 июня 2005 года и руководил ею до августа 2015 года.
Владимир Якунин является председателем Наблюдательного совета Центра национальной славы и Фонда Андрея Первозванного.
Президент-основатель Глобального общественного форума "Диалог цивилизаций".
Научный руководитель и председатель Наблюдательного совета Центра проблемного анализа и прогнозирования государственного управления Института проблем региональной экономики РАН.
Заведующий кафедрой публичной политики факультета политологии Московского государственного университета имени М.В. Ломоносова.
Председатель попечительского совета Фонда социального обеспечения детей "Расправьте крылья! "Расправ крылья").
Член попечительского совета фонда "Русский мир".
Приглашенный профессор Стокгольмской школы бизнеса.
Руководитель Центра научного обоснования и реализации мегапроекта "Интегрированная евразийская транспортная система" (ИСПИ РАН).
Награды
Ордена Почета, Дружбы, "За заслуги перед Отечеством" (IV степени), медали "За боевые заслуги", "За развитие железных дорог", награда "Почетный железнодорожник Государственной железнодорожной компании России (РЖД)".
Лауреат Государственной премии Российской Федерации в области науки и техники.
Ордена Русской Православной Церкви: святого равноапостольного князя Владимира (IV степень); преподобного Серафима Саровского (II степень); преподобного Андрея Рублева (I степень); а также орден Совета муфтиев России "Аль-Фахр" (I степень).
Ордену Гроба Господня (Иерусалимская Православная Церковь) за большой вклад в развитие диалога между цивилизациями, народами и организацию общеправославной молитвы "Просите мира для Иерусалима".
Офицер ордена Почетного легиона. Большой почетный титул с Золотой звездой за заслуги Австрийской Республики, Орден "Достык" Республики Казахстан (II степени), Орден "За заслуги" Итальянской Республики в качестве Великого офицера, Большой крест Ордена "Гражданские заслуги" Испании, Золотая медаль "За заслуги - отличие" Государства Республики Сербия, Золотая медаль Ассоциации "La Renaissance Française" за вклад в развитие и укрепление франко-российских отношений и другие.